Sydney Bristow foi recrutada pela SD-6, que seria um departamento secreto da CIA, enquanto estava na faculdade. Ela deveria manter segredo sobre seu trabalho, mas acabou contando para seu noivo Danny e ele foi assassinado logo em seguida. Desconfiada e buscando descobrir como e porque Danny morreu, acabou descobrindo que trabalhava para o inimigo que pensou combater. Magoada ao descobrir o verdadeiro assassino, resolveu procurar a ajuda da verdadeira CIA para acabar com a SD-6. Com sua admissão na CIA, seu contato, o agente Michael Vaughn, lhe revela a existência de uma outra pessoa infiltrada na SD-6: Jack Bristow, seu pai, um homem que ela mal conhece.
Trabalhando em sigilo absoluto, tendo de esconder a verdade de todos, enfrentando grandes riscos e missões que exigiam exímia inteligência e rapidez (muitas relacionadas com artefatos de Rambaldi e a "famosa" profecia da página 47, escrita por ele 500 anos atrás), Sydney acaba conhecendo melhor o seu pai e descobrindo que nem tudo em sua vida era o que imaginava.